Se isso aconteceu com você, muito provavelmente já foi lavrado o auto de infração, a sua madeira foi apreendida, seu caminhão foi apreendido e o prazo para defesa está correndo, então procure um advogado de sua confiança.

Após isso, deverá ser verificado alguns fatores: quem foi autuado, a empresa ou o motorista? o motorista não pode ser autuado, pois, ele apenas está desempenhando seu papel, presume-se que ele não tenha capacidade técnica para saber as espécies de madeiras ou o tipo ou o tamanho, ele apenas dirige o caminhão. Se for esse o caso, o auto de infração é passível de anulação por ilegitimidade de parte.

Se a empresa foi autuada, então a defesa precisa ser elaborada com um pouco mais de cuidado, pois, as GF's e Notas Fiscais são documentos importantíssimos, que precisam ser feitos com o maior cuidado possível. Se por acaso, o auto de infração for homologado, acontece o seguinte:

1) é confirmada a multa, que é com base na quantidade total de madeira transportada e não somente na quantidade irregular. Por exemplo, foi declarado na GF e NF que estava transportando 60m³, porém, após avaliação do fiscal, na verdade eram 65m³. A empresa será autuada pelos 65m³ e não pelos 5m³ além do
declarado. No exemplo, o valor seria de aproximadamente R$ 19.500,00. "minha empresa é grande, esse valor não me afeta". Pensa isso por caminhão, a empresa não tem só 1 caminhão, certo?

2) é declarado o perdimento da madeira. O que é isso? a madeira é retida pelo órgão responsável e fica disponível para utilização ou doação para outros órgão ou entidades. Imagine o prejuízo.

E o caminhão? bom, o caminhão é restituído, porque ele simplesmente foi um instrumento para carregar a madeira, não necessariamente contribuiu para a infração.

Posso entrar com uma ação judicial para adiantar todo esse procedimento?
Pode.. porém, é provável que o resultado seja o mesmo. A diferença da ação judicial para o processo administrativo é que no judicial há mais oportunidades de argumentação, mais leis a que se amparar. No administrativo, somente é utilizado decretos federais e estaduais.

Lembre-se sempre que com um advogado especializado, na pior das hipóteses, há a possibilidade de redução da multa. Na melhor, a multa é completamente anulada.